Эта критика застала Нелли врасплох. Она стремилась обставить по своему вкусу рабочее место президента… «Я бы не смогла чувствовать себя хозяйкой, если бы не интересовалась всеми деталями его окружения… Собственно говоря, я внесла лишь незначительные изменения». Когда она узнала, что служащие более высокого ранга питаются лучше и сидят при этом отдельно от коллег рангом пониже, она срочно распорядилась готовить для всех одни и те же блюда и подавать их в одном и том же помещении.
Некоторые другие изменения, предпринятые миссис Тафт, были одобрены. В первую очередь это относится к вечерам искусства, когда в парках у Белого дома ставили пьесы Шекспира. Часто на концерты приглашали молодых артистов. «Вашингтон Пост» писала, что миссис Тафт «по всей видимости, лучше всех других подготовлена к выполнению своих задач».
Нелли внесла весомый вклад в украшение всего Вашингтона, особенно набережной Потомака. По ее инициативе в 1909 году из Японии привезли 80 вишневых деревьев, которые посадили на берегу реки в западной части парка. 10 декабря 1909 года в гавани Сиэтла, штат Вашингтон, выгрузили две тысячи саженцев сакуры. Это был подарок Токио столице США. Деревья перевезли в Вашингтон, но после их тщательного исследования инспекторами министерства сельского хозяйства они были сожжены, так как оказались зараженными. Япония прислала еще три тысячи деревьев. 27 марта 1912 года президент посадил первое из этих деревьев, жена японского посла — второе. Сегодня японская вишня является символом Вашингтона. Первый день ее цветения считается в американской столице праздником.
Казалось, Нелли настолько была занята Белым домом, что запустила все политические дела, которыми так живо интересовалась. «Мое участие в карьере мужа закончилось в тот самый момент, когда его избрали президентом. Мне всегда приносил удовлетворение тот факт, что я в политике разбираюсь так же хорошо, как и он. Но мои обязанности в Белом доме настолько поглотили меня, что не осталось времени следить за делами правительства». Тем не менее Нелли вела календарь мужа и обсуждала с ним политические вопросы. Когда она видела, что муж разговаривал с кем-либо, то подходила к ним и вступала в разговор. Она присутствовала на важных конференциях и даже выступала на заседаниях. Очевидно, Тафт поддерживал ее, так как публично он никогда не возражал ей. Как далеко простиралось ее вмешательство в политические дела, можно судить по сцене между президентом и женой, которую наблюдал адъютант президента, капитан Арчи Батт: «Нелли сердилась на мужа, так как он, по ее мнению, был не очень строг к служащим, и выговаривала ему: „Уил, ты всегда соглашаешься со всеми и с тем, что тебе предлагают?“ — „Дорогая, — отвечал ей Тафт, улыбаясь, — а тебе никогда ничего не нравится, вот мы и квиты“». Было много случаев, когда супруга президента вмешивалась в политические дела. Президент хотел назначить послом в Китае Николаса Лонгворта, Нелли не допустила этого, так как недолюбливала Николаса.
Она способствовала и отзыву из Парижа американского посла, которому не могла простить допущенную много лет назад ошибку.
25 марта 1909 года, когда Нелли снова вмешалась в его взаимоотношения с персоналом, Тафт послал ей меморандум под заголовком: «Меморандум миссис Тафт, настоящему президенту — от номинального президента». Это был серьезный документ, в котором Тафт предлагал супруге в случае, если она будет заинтересована в назначении какого-либо определенного лица на пост в министерстве юстиции, обращаться непосредственно к министру юстиции, а не к нему, так как он в этом правительстве мало что значит. Тафт был согласен с тем, что его супруга — «политический деятель». Но многие считали ее «управляющей делами президента».
Когда ее спросили, кому из них первому пришла в голову мысль о президентстве, она честно ответила: «Это была моя идея». В беседе с мексиканским президентом Хозе Порфирио Диасом Тафт признался, что женщины «играют важную роль в общественных делах».
Нелли была настолько тщеславна и так открыто вмешивалась в политику, что иногда во время публичных мероприятий выходила вперед и выступала вместо супруга — как будто она была президентом Соединенных Штатов. Спикер палаты представителей Джозеф Кэнон нередко советовался как с президентом, так и с его супругой.
Нелли полагала, что для здоровья ее супругу нужно каждый день пить молоко. По ее распоряжению в Белый дом доставили корову, которая паслась перед резиденцией, привлекая внимание туристов. Тафт был владельцем последней президентской коровы и первого президентского автомобиля в истории Соединенных Штатов. Кроме того, он был самым толстым президентом Соединенных Штатов. В день инаугурации он весил 151 кг при росте 190 см. Часто он просил жену помочь ему похудеть. Нелли испробовала различные средства, но безуспешно, Тафт продолжал толстеть. Вероятно, именно поэтому он часто засыпал на конференциях. Злые языки утверждали, что Нелли потому и сопровождает его повсюду, чтобы будить в нужный момент. В тесном кругу друзей она называла его «спящей красавицей».
В мае 1909 года во время путешествия к Моут Вернон на яхте «Сильф» Нелли парализовало. Ее доставили в Белый дом. Болезнь держали в тайне, отсутствие Первой леди на всевозможных мероприятиях объясняли неубедительными причинами. В прессе начали распространяться слухи о «нервном срыве» у супруги президента.
На время болезни четыре сестры и дочь заменяли ее при выполнении обязанностей хозяйки дома, вплоть до 1910 года. А до тех пор она обедала, спрятавшись за занавеску, чтобы гости ее не видели: так она могла слышать хотя бы обрывки разговоров в салоне. Благодаря интенсивным упражнениям Нелли довольно скоро обрела подвижность. Проблемы возникали при подготовке длинных речей. Когда ей было особенно трудно, Тафт старался, по возможности, облегчить ее страдания. Он не только помогал выполнять все упражнения, но и великолепно умел поддержать ее, читал ей книги и ежедневно приносил свежие цветы. Когда он впервые отправился в сад за цветами, садовник, подумав, что к ним забрались воры, схватил президента. Позже, передавая супруге цветы, он сказал: «Я украл их для тебя».