Элин не признавала дорогую, экстравагантную одежду. На платья она расходовала не более 40 долларов в год. Когда она еще была супругой ректора университета, как-то на приеме одна дама ехидно заметила: «Миссис Вильсон, в этом коричневом платье с каждой весной Вы становитесь красивее».
Хотя они и поклялись друг другу никогда не расставаться, Вильсон часто уезжал с докладами. В это время Элин обычно находилась у родственников. Детей она родила в южных штатах, так как ей не хотелось, чтобы они появились на свет на Севере. С мужем они вели оживленную переписку, за 10 лет было написано 1400 писем, которые представляют собой увлекательное чтение. Вильсон, слывший холодным, уравновешенным политиком, проявил в них удивительную мягкость характера. Кроме того, они подтверждают литературный талант Вильсона. Элин была сдержаннее, не так откровенно высказывала чувства, хотя с течением времени это несколько изменилось.
В 1903 году чета Вильсонов отправилась в Европу, которая нравилась обоим. Это было их «второе свадебное путешествие». Год спустя Элин вновь поехала в Европу с дочерью Джесси и двумя подругами из Нового Орлеана. Когда Вильсон стал президентом, он объявил, что не станет устраивать традиционный бал. Этот вечер он провел в кругу семьи. Через месяц он снова нарушил протокол, появившись на экстренном заседании обеих палат конгресса и выступив с речью. После Джона Адамса этого не допускал ни один американский президент. Вильсона наградили бурными аплодисментами. Возвращаясь из Капитолия в Белый дом, Элин, гордясь мужем и радуясь бурной реакции конгресса, заметила: «Тедди Рузвельту это понравилось бы, если бы эта мысль пришла ему в голову раньше тебя». С тех пор стало уже традицией выступление любого президента с речью перед обеими палатами. В честь инаугурации Элин подарила дочерям украшения, а сама получила от мужа бриллиантовое колье, которое ее дочери тотчас же окрестили «королевские драгоценности».
Элин одевалась скромно и не носила украшений. Незадолго до президентских выборов одна журналистка спросила Элин: «Вам не нравятся украшения?» — «Но почему же, — ответила она. — У меня их просто нет».
Когда президент Тафт покидал Белый дом, жене своего преемника он дал несколько советов. Элин ответила ему письмом, в котором говорилось: «По своей натуре я совершенно не тщеславная женщина, и жизнь в Белом доме меня нисколько не привлекает».
Даже выполняя обязанности Первой леди, она находила время, чтобы рисовать картины. Одну из комнат на втором этаже Белого дома она переоборудовала под ателье. Многие из картин были подарены благотворительным организациям, они имели успех, даже если продавались анонимно. В 1913 году в одной из галерей Филадельфии состоялась выставка ее пятидесяти пейзажей. Супруга Вильсона интересовалась не только благоустройством резиденции. Она поддерживала программу дешевого жилищного строительства для неимущих негров, составлявших тогда одну треть всех жителей Вашингтона. Элин повела депутатов Конгресса в трущобы и добилась принятия соответствующего закона, который назвали «Аллея поправок», или «Поправки миссис Вильсон».
Элин поддерживала введение избирательного права для женщин, но открыто не выступала за него. Она предлагала открыть женские туалеты там, где их еще не было. Активно сотрудничала в благотворительной организации «Ассоциации милосердных путей» и в «Южной промышленной ассоциации», создающей рекламу произведениям искусства из южных штатов. Вместе с супругом она участвовала в различных конференциях, что в тогдашней Америке было не принято. Она способствовала назначению Уильяма Дженикса Брайена министром иностранных дел в кабинете Вильсона.
Персонал Белого дома любил Элин, называя «ангелом Белого дома», а служащие-негры называли ее «великой и доброй леди». Кузину, Элен Бонс, она определила на должность государственного секретаря для ведения корреспонденции. Бывшей секретарше супруги Теодора Рузвельта она предложила работу, связанную с организацией приемов и общественных мероприятий, а также подготовку дочерей к участию в общественной жизни Вашингтона. Девочкам нравился Белый дом, и хотя они уже были молодыми дамами, они охотно дурачились повсюду. Если в Белый дом приходила группа посетителей, девушки присоединялись к ней и отпускали нелестные замечания в адрес детей президента.
В Белом доме царила сердечная, дружеская атмосфера. Дочери любили музыку, танцы и театры, иногда и сами выступали. 25 ноября 1913 года Джесси вышла замуж за Франсиса В. Сейри из колледжа Уильямса. Элинор стала женой Уильямса Г. Мак-Эду, министра финансов в кабинете Вильсона, 7 мая 1914 года.
Вильсон терпеть не мог, когда репортеры совали нос в семейные дела. Старшая, Маргарет, все еще оставалась незамужней, и некоторые газеты размышляли о ее шансах найти мужа. Вильсон настолько рассердился, что на одной из пресс-конференций сказал: «Если это еще раз повторится, я сделаю так, как на моем месте сделал бы любой отец, дочь которого позорят. Жалкому писаке, излагающему нечто подобное, я просто набью морду». Свадьба Элинор была последним событием, на котором присутствовала Элин. В мае этого же года миссис Вильсон потеряла сознание у себя в комнате, и после этого, на первый взгляд, не очень тяжелого случая она долго болела. Врачи не могли точно определить причину недомогания Элин, и только через несколько месяцев выяснилось, что у нее туберкулез почек. Элин не поднималась с постели, супруг не отходил от нее, утешал, как только мог, и молился о ее выздоровлении.